内设机构：

　　秘书处：负责文电、会务、机要、档案、信息化、安全保密、信访、财务及资产管理等机关行政事务和日常运转工作。

　　综合处：承担统筹协调全省涉港澳相关工作。

　　经济处：承担粤港、粤澳合作联席会议的组织筹备，以及经济领域本省与香港、澳门特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

　　社会发展处：承担协调推动粤港澳青少年交流合作，以及社会民生领域本省与香港、澳门特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

　　协调处：承担协调推动有关重要事项，以及司法领域本省与香港、澳门特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

　　联络管理处（因公赴港澳管理处）：承担粤港、粤澳高层互访以及粤港、粤澳合作联席会议的联络、礼宾工作；承担指导和管理全省因公赴港澳相关事务。

　　机关党委（干部处）：负责机关及直属事业单位党的建设和纪检工作、干部人事工作，领导机关群团组织的工作。

　　直属事业单位：

　　省粤港澳合作促进中心（省因公赴港澳人员办证中心）